理研JCMが保有する原核生物351株の全ゲノム解読
-多様な生命科学研究を支える基盤構築-
理化学研究所(理研)バイオリソース研究センター(BRC)微生物材料開発室の加藤 真悟 上級研究員、大熊 盛也 室長、環境資源科学研究センター 植物免疫研究グループの増田幸子研究員、白須 賢 グループディレクターらの研究チームは、国際的な微生物株[1]保存機関である微生物材料開発室(JCM[2])が保有する原核生物(細菌およびアーキア(古細菌))株のうち、系統学的にも生理学的にも多様な351株の全ゲノム配列を解読しました。
本研究の成果は、信頼性の高い分類体系の確立に貢献するだけでなく、未知の機能遺伝子や新規の代謝経路の探索を加速させ、環境・健康・食・エネルギーといった幅広い研究分野の基盤となると期待されます。
今回、研究チームは、JCMが保有・公開している約2万株の中から、種を代表する基準株や、技術的に培養の難しい株を中心に、351株の全ゲノム解読を実施しました。そのうちの200株以上においては、これまで全ゲノム配列が決定されていない株でした。ゲノム解読の結果、分類学的な再考が必要な株、未知の染色体外DNA[3]を有する株、新規もしく未検証の代謝機能を有する可能性のある株などが見つかりました。今回解読したゲノム配列は、すべて公共データベースで公開しています。
本研究は、科学雑誌『Genome Research』オンライン版(4月7日付)に掲載されました。
補足説明
[1] 微生物株
純粋培養物として維持・継代された単一系統の細胞集団。
[2] JCM
国際的な微生物株保存機関の一つ。微生物材料開発室は、JCMとして発足し、1981年より微生物株の収集・保存・品質管理・提供を行う微生物系統保存事業を実施している。現在では、世界有数の規模を誇る微生物コレクションとして、研究や産業利用の基盤となる微生物株を保存・提供するとともに、ゲノム情報や培養情報の整備を進めている。JCMはJapan Collection of Microorganismsの略。
[3] 染色体外DNA
細胞に含まれるDNAの中で、染色体以外のプラスミドやウイルスなどのDNA。